Фамилия Лиликян — яркий пример восточноармянской модели фамилий, которая сложилась в XIX веке под влиянием русской бюрократии. Её основа — мужское личное имя Лилик, уменьшительно-ласкательная форма от армянского имени Лилит (в свою очередь, восходящего к аккадскому «līlītu» — «ночь, ночной дух»). В армянской традиции суффикс -ик придаёт именам уменьшительность, так что Лилик — это примерно «маленькая Лилит» или «Лилиточка». Фамильный суффикс -ян (в западном варианте — -янц) означает «принадлежащий к роду»: Лиликян — «из рода Лилика».

Любопытно, что, в отличие от многих армянских фамилий, образованных от прозвищ или профессий (Дарбинян — кузнец, Мкртчян — креститель), Лиликян отталкивается от имени, причём женского. Это необычно: армянские фамилии чаще берут начало от мужских имён. Возможно, Лилик было ласковым домашним прозвищем мужчины, данным в детстве, или же фамилия закрепилась за потомками женщины по имени Лилит, что в патриархальном обществе XIX века — редкость.

Географически фамилия Лиликян типична для Восточной Армении (современная Республика Армения и армянские общины Грузии, России). В западных армянских диаспорах (Стамбул, Бейрут) чаще встречается форма Лиликянц. В России фамилия могла получить ударение на последний слог по аналогии с другими армянскими фамилиями, хотя в оригинале ударение падает на первый: Лиликян.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии, скорее всего, не принадлежали к высшей знати (меликам) или духовенству, а были крестьянами или ремесленниками. Фамилия не содержит указания на ремесло или сословие, что типично для массового слоя армянского населения, получившего фамилии по имени предка.