Фамилия Лиликин — редкий пример русской фамилии, образованной от мирского имени Лилика. В основе лежит древнерусское слово «лилекъ», которым называли птицу козодоя. Наши предки верили, что эта ночная птица, кружащая вечерами у скота, выдаивает у коров и коз молоко — отсюда и пошло её название. Имя Лилика давали ребёнку с пожеланием, чтобы природа приняла его как своего и наделила качествами этой птицы.

Модель образования проста: к основе на -а добавили суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность. Лиликин буквально означает «сын Лилики», «из рода Лилики». Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, и в этом смысле Лиликин стоит в одном ряду с Пушкиным, Репиным или Ильиным.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век. Скорее всего, Лиликины появились в северных или центральных областях России, где мирские имена держались дольше всего. Встречаются и однокоренные фамилии — Лиликов, Лилин, Лилькин, — но Лиликин сохранила наиболее архаичную форму, прямо указывающую на исходное имя.