Фамилия Лилье — один из редких примеров, когда русская фамилия имеет не славянское, а французское происхождение, но при этом давно и прочно обрусела. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, Лилье сохранила иноязычную основу и окончание, что сразу указывает на её нерусские корни.

Скорее всего, фамилия восходит к французскому слову «lilye» (устаревшее написание «lis» — лилия). В дореволюционной России её могли получить выходцы из Франции или обрусевшие потомки французских дворян, эмигрировавших после Великой французской революции или наполеоновских войн. Однако есть и другая версия: фамилия могла возникнуть у обрусевших шведов или немцев, так как в Швеции и Финляндии фамилия Lilje (от шведского «lilja» — лилия) встречается довольно часто. В таком случае написание «Лилье» — это русифицированная форма с характерным для русского уха мягким окончанием.

Интересно, что в русском языке фамилия не склоняется по падежам как типичная русская фамилия (мужской род: Ивана Лилье, Ивану Лилье), что также подчёркивает её иноязычную природу. В дворянских родословных книгах Российской империи встречаются носители фамилии Лилье, например, род Лилье, внесённый в родословные книги Виленской и Ковенской губерний, что подтверждает её шляхетское происхождение.

Таким образом, предки человека с фамилией Лилье, скорее всего, были либо французскими эмигрантами, либо остзейскими немцами или шведами, принявшими российское подданство. По социальному статусу это могли быть дворяне, офицеры или чиновники. Фамилия редкая, и её основная загадка — в точной национальной принадлежности корня: французская лилия или скандинавская лилия, но в любом случае — цветочный символ, который в геральдике означал чистоту и благородство.