Фамилия Лимонников — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа на самом деле скрывает неожиданное происхождение. На первый взгляд кажется, что предок мог торговать лимонами или иметь какое-то отношение к этому фрукту. Однако лингвисты и историки фамилий сходятся во мнении: перед нами не «растительный» след, а видоизменённое крестильное имя.

В основе фамилии лежит не «лимон», а народная форма канонического имени Филимон. В переводе с греческого Φιλήμων (Филемон) означает «любимый», «милый». В просторечии имя Филимон часто сокращали и переделывали: так появились формы Филя, Фимон, а затем и Лимон — с утратой начального звука, что для русской диалектной речи обычное дело. От этого Лимон с помощью суффикса -ник образовали прозвище Лимонник — так в быту называли человека, носившего имя Лимон. А уже от прозвища по модели «чей сын?» возникла фамилия Лимонников.

Святой покровитель имени — мученик Филимон, который вместе с девятью другими христианами пострадал за веру в IV веке: он обличал язычников и проповедовал Христа, за что был подвергнут жестоким пытки и казнён. Память этого святого поддерживала популярность имени в народе.

Фамилия Лимонников — относительно редкая. Встречается она в основном на севере и в центральной России. Документы подтверждают: в Книге памяти Республики Мордовия записан Алексей Федорович Лимонников, 1902 года рождения, из села Архангельское-Голицыно Рузаевского района. В Архангельской области, в деревне Елкино Мезенского района, жили Иван Ильич Лимонников (1888) и Иван Маркович Лимонников (1909). Эти записи показывают, что фамилия бытовала в крестьянской среде, причем носители не были связаны с южными регионами, где лимоны могли быть привычным товаром, — лишнее подтверждение «именной», а не «фруктовой» версии.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный. Сравните с однокоренными, но более редкими вариантами: Лимонов (тоже от имени Лимон) или Лимонский (с польским или украинским оттенком). Лимонников же стоит особняком благодаря суффиксу -ник, который в прозвищах часто указывал на человека, связанного с чем-то или кого-то характеризующего: например, Мельник, Плотник, а в данном случае — Лимонник, то есть «тот, кого зовут Лимон».