Фамилия Лимончиков на первый взгляд кажется «вкусной» и связанной с цитрусовыми, но это обманчивое впечатление. Прямое происхождение от слова «лимон» маловероятно: в старой России этот фрукт был редкостью и деликатесом, о чём говорит присказка «Не наша еда лимоны, есть их иному». Однако известен факт: ещё в 1490 году на Белом озере жил крестьянин Гридя Лимонов. Это указывает, что корень здесь не гастрономический, а личный.

На самом деле фамилия Лимончиков восходит к каноническому мужскому имени Филимон, которое в переводе с греческого означает «любимый». В народе это имя часто сокращали, отбрасывая первый слог, — так появились формы Лимон и уменьшительно-ласкательное Лимончик. Именно от прозвища или неофициального имени Лимончик и образована фамилия: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Лимончиков — это потомок человека по имени Лимончик.

Такая модель словообразования — от усечённых форм имён с уменьшительным суффиксом -чик — встречается нечасто. Она роднит фамилию Лимончиков с однокоренными, но более распространёнными Лимоновым и Лимонниковым. Если Лимонов мог произойти напрямую от прозвища Лимон (из Филимона), то в основе Лимончикова лежит именно ласкательная форма, что подчёркивает тёплое, домашнее отношение к предку. Таким образом, за необычной и «сочной» оболочкой фамилии скрывается простое греческое имя со значением «любимый».