Фамилия Лимонченко звучит необычно, но её происхождение прозрачнее, чем кажется. В основе лежит слово «лимон», однако прямой связи с фруктом у предков скорее всего не было. В украинской и южнорусской традиции «Лимон» — это не дерево, а прозвище. Так могли назвать человека с кислым, ворчливым нравом, либо, наоборот, того, кто торговал лимонами или занимался их разведением. В Малороссии и на юге России лимоны в XIX веке выращивали в теплицах и оранжереях — это было ремесло, которое давало прозвище.

Суффикс «-енко» — ключевой элемент. Это типичный украинский патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». Если в великорусских землях фамилии часто оканчивались на «-ов» (Лимонов), то на территории современной Украины и в приграничных областях России господствовала модель на «-енко». Лимонченко — буквально «сын Лимона», то есть потомок человека с прозвищем Лимон.

Интересно, что фамилия обошла стороной суффикс «-евич» (Лимонович), который был бы более характерен для западноукраинских земель или польского влияния. Форма «-енко» указывает на центральную или восточную Украину, а также на Слобожанщину (Харьковщина, Сумщина). Именно там в XVII–XVIII веках активно формировались фамилии казаков и крестьян по этой модели.

В отличие от фамилии Лимонов, которая могла принадлежать и крестьянину, и дворянину (от боярского рода Лимоновых), Лимонченко почти не встречается в родословных книгах российского дворянства. Это фамилия преимущественно крестьянская или мещанская. В дореволюционных метрических книгах Лимонченко чаще всего записаны в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях — в тех местах, где прозвища переходили в фамилии массово и без участия бюрократии.

Спорных версий у фамилии нет. Иногда пытаются связать её с тюркским словом «лимон» (которое само пришло из персидского), но это излишнее усложнение: прозвище Лимон в русских говорах фиксируется прямо, без посредников. Единственная тонкость — ударение. Фамилию произносят с ударением на второй слог: Лимóнченко, хотя в исходном прозвище ударение падало на последний слог (Лимóн). Это естественная акцентологическая адаптация фамильной формы.