Фамилия Лимонов почти наверняка не имеет отношения к цитрусовому плоду. В старой России лимоны были редкостью и дорогим импортным товаром, известным лишь немногим. Даже существовала поговорка: «Не наша еда лимоны, есть их иному». Прозвище, данное человеку по такому экзотическому фрукту, маловероятно в крестьянской среде.

Намного правдоподобнее версия, связывающая фамилию с каноническим мужским именем Филимон. Оно пришло из греческого языка и означает «любимый». В повседневной речи имя часто сокращали до усеченной формы — Лимон. Именно от этой простонародной, обиходной формы и возникла фамилия: Лимон → Лимонов, то есть «сын Лимона».

Косвенно эту версию подтверждает и ранняя письменная фиксация. Еще в 1490 году на Белом озере жил крестьянин Гридя Лимонов. Если бы фамилия происходила от фрукта, она вряд ли появилась бы в таком глухом углу и так рано, до массового распространения лимонов на Руси. Скорее всего, основатель рода Лимоновых был простым человеком, которого в быту звали Лимоном — сокращенно от Филимона. Со временем это обиходное имя закрепилось за его потомками в виде фамилии.