Фамилия Лимонько звучит необычно, и её происхождение не такое прозрачное, как может показаться. Вопреки ожиданиям, она почти наверняка не связана с фруктом. В русской ономастике фамилии на -онько характерны для украинской и южнорусской традиции. Суффикс -онько (уменьшительно-ласкательный, как в словах «батьонько», «головонька») в фамилиях встречается реже, чем стандартные -енко или -ко, что сразу выделяет Лимонько из ряда однотипных образований.

Основа «Лимон» в таком контексте чаще всего восходит не к цитрусу, а к личному имени или прозвищу. Самый вероятный источник — православное имя Филимон (от греческого «филема» — поцелуй). В народном произношении оно могло сокращаться до Лимо́н, а с уменьшительным суффиксом давало Лимо́нько — «маленький Филимон» или «сын Филимона». Такая модель (стяжение имени + суффикс) типична для украинской фамильной системы: от Филимона — Лимоненко, Лимонько.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище Лимон, данное человеку с кислым, ворчливым нравом или, наоборот, с какой-то внешней особенностью (например, желтоватый цвет лица). Однако в этом случае фамилия скорее получила бы суффикс -ов (Лимонов), а не украинский -онько. Поэтому версия с именем Филимон выглядит убедительнее.

Географически фамилия Лимонько тяготеет к восточным областям Украины и прилегающим регионам России (Харьковщина, Слобожанщина, юг Курской и Белгородской областей). Встречается она нечасто — это редкая фамилия, что подтверждает её локальное происхождение от конкретного рода, а не от массового прозвища.

Таким образом, предок носителя фамилии Лимонько, скорее всего, был украинцем или жителем южнорусских земель, которого в быту звали уменьшительно от имени Филимон — Лимонько. Со временем это обращение закрепилось за его детьми как наследственная фамилия.