Фамилия Лимонин — редкий случай, когда основа лежит на поверхности, а значение оказывается совсем не тем, что кажется. Вопреки первому впечатлению, она никак не связана с лимонами. В русских говорах слово «лимо́н» имело другое значение — так называли не плод, а птицу: малиновку, зарянку или снегиря. Прозвище Лимон могли дать человеку с ярким румянцем, рыжеватыми волосами или звонким, чистым голосом — по ассоциации с окраской или пением этой птицы.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лимонин буквально значит «сын Лимона» или «из семьи Лимона». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на согласный или -а/-я. Встречается она в центральных и северных регионах России, где фамилии на -ин особенно распространены (в отличие от южных и западных областей, где преобладает -ов/-ев).

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «лимоной» называли липкий сок или смолу, а «лимонить» значило «пачкать, марать». В таком случае прозвище Лимон могло закрепиться за неаккуратным, чумазым человеком. Однако эта трактовка встречается реже и хуже документирована, чем «птичья» версия.

Однокоренные фамилии — Лимонин, Лимо́нов, Лимо́нников — все восходят к тому же прозвищу, но различаются суффиксами. Лимо́нов — более поздняя, общерусская форма, Лимо́нников — от профессии или занятия (например, торговец лимонами, но это уже влияние южных фруктов, а не птицы). Лимонин же сохранил архаичную, диалектную основу, что делает его особенно интересным для краеведов и историков языка.

Встречаемость фамилии невысокая. Основные очаги — Вологодская, Архангельская и Кировская области, то есть регионы, где сохранились старые севернорусские говоры. Встречаются Лимонины и в Сибири — как след переселения крестьян в XIX–XX веках. Среди известных носителей фамилия не получила широкой огласки, но это не умаляет её ценности: за каждым Лимониным стоит история предка, которого когда-то прозвали за яркую внешность или звонкий голос, как у лесной птицы.