Фамилия Лимони — редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа — слово «лимон», а суффикс -и указывает на иной путь образования, чем у массовых русских фамилий на -ов или -ин. В русской традиции фамилии на -ий, -ый, -ой обычно принадлежали духовенству или образовывались от прилагательных (например, Благовещенский, Серебряный), но флексия -и в чистом виде — скорее признак западного или южнославянского влияния. Лимони могла возникнуть у греков, молдаван или болгар, где такой суффикс передаёт принадлежность: «лимонный», «относящийся к лимону». В русском контексте фамилию могли получить выходцы из этих народов, переселившиеся в Россию, или же она была искусственно создана в семинарской среде — по модели фамилий от названий растений (Розов, Фиалков, Лимонов).

Само прозвище Лимон или Лимоний могло закрепиться за человеком по нескольким причинам. Самая прямая — торговля лимонами, которые вплоть до XIX века были в России дорогим заморским товаром. Торговец лимонами, садовод, выращивавший их в оранжереях, или просто любитель этого фрукта мог получить такое прозвище. Другой вариант — внешность: жёлтый оттенок кожи, кислое выражение лица или, наоборот, необычайно светлые волосы, которые сравнивали с цветом лимона. Не исключена и шуточная основа: так могли прозвать въедливого, придирчивого человека — «кислого» по характеру.

Географически фамилия Лимони встречается разрозненно, но чаще всего в документах по югу России и Украине, а также в среде греческих переселенцев. В Приазовье, где с конца XVIII века селились греки, фамилии на -и (Попани, Карамани, Лимони) — обычное дело. Там она могла произойти от греческого λεμόνι (лемони) — «лимон», и фамилия не меняла окончания при склонении. В отличие от русской фамилии Лимонов, которая прямо говорит о родоначальнике по имени Лимон (от уменьшительной формы канонического имени или от прозвища), Лимони сохраняет иноземный след.

Стоит учесть, что из-за редкости фамилия Лимони не попала в основные ономастические словари русских фамилий (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова). Это говорит о том, что она не была типичной для центральной России и не прошла через массовую паспортизацию. Если ваши предки носили эту фамилию, логичнее всего искать их корни на юге: в Крыму, на Кубани, в Молдавии или среди греческих общин. В любом случае, основа фамилии — не выдумка, а прямой указатель на профессию, характер или внешность человека, которого когда-то прозвали Лимоном.