Фамилия Лимонов — один из примеров того, как народная память переосмыслила церковное имя, превратив его в нечто, кажущееся бытовым и даже экзотическим. Прямая связь с цитрусовым фруктом маловероятна: в старой России лимоны были редкостью и привозным деликатесом, что отразилось в присказке «Не наша еда лимоны, есть их иному». Поэтому в основе фамилии лежит не название плода, а усеченная форма крестильного имени Филимон (от греческого «филео» — любить, то есть «любимый»). Лимон — это просторечный, «домашний» вариант имени Филимон, который и дал начало фамилии.

Интересно, что фамилия фиксируется в документах очень рано: уже в 1490 году на Белом озере упоминается крестьянин Гридя Лимонов. Это указывает на то, что мирское имя Лимон бытовало на русском Севере задолго до того, как сама фамилия оформилась окончательно. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Лимонов — сын Лимона. Таким образом, предок современных Лимоновых был человеком, которого в быту звали Лимоном, то есть попросту Филей, Филимоном. Фамилия эта — не памятник «славянской письменности», а скорее живое свидетельство того, как в народе сокращали и приспосабливали к своему языку греческие имена, создавая новые, на первый взгляд удивительные, фамильные прозвания.