Фамилия Линеенко — украинская по модели образования, что сразу выдает суффикс -енко. В XVII–XIX веках этот суффикс был главным маркером фамилий на Левобережной и Слободской Украине (современные Черниговская, Полтавская, Сумская, Харьковская области). Линеенко буквально означает «маленький Линей» или «сын Линея». Основа здесь — не имя Лин, как может показаться на первый взгляд, а прозвище Линей.

Линей в украинских говорах — это рыба линь (Tinca tinca). Прозвище Линей могли дать человеку по ассоциации с этой рыбой: либо за медлительность и лень (линь известен вялым поведением), либо за внешность — линь покрыт мелкой, скользкой чешуей и имеет характерный золотистый отлив. Второй вариант — профессиональный: предок мог быть рыбаком или торговцем рыбой, которого в округе прозвали по основному товару. Встречается и другая версия: связь с польским или белорусским «лине» (лента, тесьма), но для украинской фамилии она менее вероятна — рыбацкий контекст и распространенность прозвищ по названиям рыб на Украине говорят в пользу первого объяснения.

Интересная деталь: двойное «е» в середине фамилии — не ошибка и не случайность. В украинской антропонимии суффикс -енко часто присоединялся к основам, оканчивающимся на -ей, -ай, -ий, и при письме сохранял гласную. То есть форма «Линеенко» (а не «Линенко») — точная передача исходного прозвища Линей + суффикс. Встречаются также варианты Линеенков (обрусевшая форма с русским суффиксом -ов) и Линяенко, но основная ветвь — именно с двойным «е».

Сословно носители фамилии в XIX веке относились в основном к казацкой старшине или крестьянам — типичный для украинских -енко-фамилий разброс. В списках Войска Запорожского и ревизских сказках Полтавской губернии фамилия фиксируется с середины XVIII века. Географически ядро — Черкасская и Полтавская области, отдельные семьи встречаются в Курской и Воронежской губерниях, куда переселялись украинские казаки.