Фамилия Линушкин — один из тех случаев, когда имя и прозвище могли дать одинаковую форму, а разобраться помогает только значение корня. Самая вероятная версия ведет к церковному имени Лин. Оно пришло из греческого языка, где «линос» означало «скорбная песнь». Имя было редким, но в святцах встречалось, и от него образовали ласковую форму — Линушка. Так что в основе фамилии лежит именно это уменьшительно-ласкательное обращение.

Поскольку имя Лин носили святые, а в народе оно не было широко распространено, его могли давать в семьях, где следовали церковным традициям и не чурались редких календарных имен. Отсюда и предположение, что основатель рода Линушкиных мог принадлежать к высшему сословию или хотя бы к грамотной среде, где такие имена не казались диковинкой.

Но есть и другая версия, более приземленная. Украинское слово «линка» означало лодыря, бездельника. Если прозвище Линушка закрепилось за человеком нерадивым или медлительным, то фамилия пошла бы уже от прозвища, а не от крестильного имени. Оба варианта словообразовательно возможны: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Линушкин), а основа в обоих случаях одна и та же.

Однако стоит заметить: версия с именем Лин выглядит убедительнее, хотя бы потому, что прозвище Линушка от «линка» не зафиксировано в известных исторических источниках по русской ономастике, а вот имя Лин — факт церковного календаря. К тому же фамилии на -ушкин обычно образуются именно от уменьшительных форм личных имен (Ванюшка — Ванюшкин, Петрушка — Петрушкин), так что Линушкин вписывается в этот ряд естественно.