Фамилия Липинцев — одна из тех, где суффикс сразу говорит о происхождении. Окончание «-ев» при крепкой основе на «-ец» выдаёт модель, типичную для юга России и Украины: от прозвища или названия жителя по месту. В северных и центральных областях чаще встречались бы формы вроде Липин или Липинов, а здесь — именно «-цев», то есть «сын Липинца».

Основа «лип-» отсылает к дереву липе. Но не спешите записывать предка в бортники или резчики по липовой коре. Прямое прозвище Липинец мог получить человек, живший у липовой рощи или происходивший из села с названием Липинцы, Липня, Липовка. Таких топонимов в России и Украине десятки, особенно в чернозёмной полосе и на Слобожанщине. Второй вариант — прозвище по внешности или характеру: липой в диалектах называли вялого, медлительного человека, а иногда и льстивого («липнуть»). Однако для фамилии географическая версия надёжнее: слишком много сёл с корнем «лип-», чтобы списывать всё на личные качества.

Словообразовательная цепочка проста: Липа → Липинец (житель или выходец из Липин) → Липинцев (потомок Липинца). Суффикс «-ец» здесь указывает на принадлежность к месту, а не на уменьшительность. Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или казачья: подобные «географические» фамилии в массе своей закрепились после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным давали фамилии по названию деревни или по прозвищу отца. В ревизских сказках XIX века Липинцевы встречаются в Воронежской, Курской, Харьковской губерниях — как раз там, где густо растут липовые леса и сёла с корнем «лип».

Сравните с однокоренными: Липин, Липкин, Липский. Липинцев стоит особняком — суффикс «-цев» редок для фамилий на «-ин», но типичен для тех, что образованы от прозвищ на «-ец». Если бы предка звали просто Липа, получился бы Липин. А раз Липинцев — значит, было промежуточное прозвище Липинец. Это тонкое, но важное различие, которое позволяет точнее представить, где жил и как назывался первый носитель.