Фамилия Липанцев — одна из тех, где угадывается сразу несколько возможных корней, но главный из них лежит на поверхности: это отчество от прозвища или неканонического имени Липанец. Модель образования простая и типичная для русских фамилий XVI–XVII веков: суффикс -ец указывал на человека по месту жительства, занятию или характерному признаку, а затем к основе Липанец добавили патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого ц). Так Липанец превратился в Липанцев — «сын Липанца».

Самая прямая версия связывает фамилию с деревом липой. Липанец — житель местности, где много лип, или человек, занимавшийся сбором липового цвета, лыка, изготовлением мочала и лубяных изделий. В старину липа была важным промысловым деревом: из лыка плели лапти, короба, рогожи, а липовый мёд и цвет шли в лекарство. Прозвище Липанец мог получить и ремесленник, работавший с липой, — столяр или резчик по мягкой древесине, из которой делали ложки, игрушки, посуду.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с диалектным словом «липанец» в значении «льстец» или «притворщик» (от глагола «липать» — льстить, обманывать). В некоторых говорах «липа» означала подделку, фальшивку, а «липач» — обманщика. Однако эта гипотеза слабее: прозвища по отрицательным качествам встречаются, но в основе фамилии Липанцев гораздо чаще видят именно дерево, а не диалектный глагол с узким ареалом.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям. Наибольшая плотность носителей — в Воронежской, Белгородской, Липецкой и Рязанской областях. Там же встречаются однокоренные фамилии: Липатов, Липкин, Липский, Липин. Липанцев — форма более редкая, сохранившая архаичный суффикс -ец, который в других регионах часто заменялся на -ов или -ин (сравните: Липкин — от Липка, а Липанцев — от Липанец). Эта особенность указывает на то, что фамилия могла сложиться в среде, где прозвища на -ец были живы и продуктивны, — скорее всего, среди крестьян и посадских людей, а не дворянства.

Таким образом, предок современных Липанцевых с большой вероятностью был человеком, связанным с липой: либо жил в липовой роще, либо занимался липовым промыслом. Второстепенная версия с «обманщиком» не находит серьёзной поддержки в ономастике и остаётся лишь догадкой.