Фамилия Липанина — яркий пример того, как суффикс может рассказать о происхождении больше, чем корень. Она образована по модели, характерной для севера и северо-востока России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), но основа здесь не мужское имя или профессия, а женское прозвище или имя — Липана.

Корень «Лип-» чаще всего связывают с деревом липой. Однако прямое прозвище «Липа» в старину давали не за любовь к природе, а за обманчивую внешность или мягкий характер — «липовый» значило «поддельный», «ненастоящий». Женская форма Липана (с суффиксом -ан-) могла означать «дочь или жена того, кого звали Липаном», либо быть самостоятельным прозвищем женщины, например, за льстивость или «липовую» красоту.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом липана (в некоторых говорах — «вялый, медлительный человек»). В этом случае фамилия закрепилась за конкретным человеком по его манере поведения, а уже потом перешла к потомкам.

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу и Вятке — регионам, где активно использовали суффикс -ан- для образования личных имён (Влас → Власана, Федор → Федорана). Встречается она и в центральных областях, но реже. Сословного барьера у Липаниных не было: крестьяне и мещане носили её одинаково часто, поскольку прозвище возникло в бытовой среде.

Интересная деталь: у фамилии есть редкий вариант ударения — Липанина (с ударением на первый слог). Такое произношение выдает северное происхождение, где ударение часто смещается на корень. В современном языке чаще говорят Липанина (на второй слог), но оба варианта исторически равноправны.