Фамилия Липантьев — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается редкая греческая основа. В её основе лежит имя Липантий — адаптированная народным произношением форма канонического крестильного имени Ипатий. В переводе с греческого «Ипатий» означает «высочайший»: слово hypatos (ὕπατος) в античном мире использовалось как титул консула или высшего сановника. Так что носитель фамилии Липантьев — потомок человека, которого нарекли «высочайшим», хотя в быту это имя, скорее всего, не подчёркивало социальный статус, а давалось в честь святого.

Покровитель имени — угодник Божий Ипатий, прозванный Чудотворцем. По житию он исцелял различные недуги и изгонял бесов, поэтому на Руси имя Ипатий (а в просторечии — Липантий) считалось надёжным оберегом. Существовала вера: назвать ребёнка в честь святого или мученика — значит установить с ним незримую связь, обеспечить покровительство и благую судьбу.

Словообразовательная модель проста: к основе Липантий добавили типичный русский патронимический суффикс -ев. Формально фамилия отвечает на вопрос «чей?» — то есть «сын Липантия». Это один из самых распространённых типов русских фамилий, но основа у него нечастая. Имя Ипатий в святцах есть, однако в повседневном обиходе оно встречалось редко, в основном в монашеской или церковной среде. В народе его переделали в более привычное Липантий — через замену начального «И» на «Ли» (явление, известное в русской антропонимии: ср. Иван → Ливан, Ипат → Липат).

Фамилия Липантьев почти не имеет географического разброса. В дореволюционных источниках она изредка фиксируется в центральных губерниях, но массовой никогда не была. Это редкий случай, когда фамилия сохранила не только исходную форму имени, но и его церковное значение — «высочайший». По сути, каждый Липантьев носит в своей фамилии древний титул, который когда-то звучал как прозвание консула или наместника.