Фамилию Липанин правильнее всего разбирать как образованную от прозвища или имени Липаня. Основа здесь — корень «лип-», который в русских говорах имеет несколько значений. Самое очевидное — связь с деревом липой. Человек мог получить прозвище Липаня за то, что жил среди лип, занимался заготовкой липового лыка или просто был высоким и статным, как липа. Однако в диалектах слово «липан» могло означать и «вялый, медлительный человек» — от глагола «липать» (мешкать, делать неспешно). Какая из версий верна для конкретного предка, теперь не установить, но обе возможны.

Суффикс «-ан-» (в форме Липаня) характерен для русских прозвищных имен: он придавал оттенок просторечности, иногда ласкательности, а иногда и пренебрежения. Такие имена были распространены в крестьянской среде в XVI–XVII веках. Фамилия же образована по стандартной модели: к основе Липан- добавили патронимический суффикс «-ин», означающий «сын Липани» или «из семьи Липани». То есть Липанин — это буквально «чей?» — Липанин, потомок человека по прозвищу Липаня.

Менее вероятна, но не исключена версия происхождения от церковного имени. В святцах есть имя Иулиания (в просторечии Ульяна), от которого могли образовать уменьшительную форму Липаня. Однако для такого перехода нет устойчивых фонетических примеров, поэтому эта гипотеза уступает прозвищной.

Географически фамилия привязана к центральным и северным областям России. Встречается в старых переписях Вологодской, Костромской и Архангельской губерний. Там слово «липа» и производные от него входили в активный словарь, а суффикс «-ан-» встречался в местных прозвищах чаще, чем на юге.

Таким образом, Липанин — типичная русская фамилия, образованная от прозвища, скорее всего связанного либо с деревом, либо с характером человека. Никаких следов дворянского происхождения или внесения в родословные книги у неё нет — это фамилия крестьянская, возникшая в среде, где прозвища давали по бытовым приметам.