Фамилия Липаев образована от личного имени или прозвища Липай. Самое прямое объяснение — мирское имя Липай, которое родители давали ребенку по названию дерева липа. В древнерусской традиции такие имена давали, чтобы природа приняла младенца как своего и передала ему полезные свойства растения: долголетие, выносливость, целебную силу.

Однако прозвище Липай могло возникнуть и по другим причинам. Человек мог получить его, если жил рядом с липовой рощей или занимался сбором липового цвета и коры. Липа широко применялась в народной медицине: из цветков делали потогонный чай, из коры — мочало и лыко. Так что Липаем могли прозвать знахаря или лекаря.

Существует и менее очевидная версия, связанная с украинским диалектным глаголом «липати» — «отдирать верхний слой, разбивать, ломать, бить». В этом случае прозвище Липай относилось к «профессиональным» именованиям и указывало на строителя: человека, который обтёсывал бревна, сдирал кору или разбивал старые постройки.

Суффикс -ев в фамилии Липаев указывает на принадлежность: Липаев — сын Липая. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -ай, -ей (сравните: Купаев, Можаев). Фамилия редкая, сконцентрирована преимущественно в центральных и южных областях России, где липа была распространена и имела хозяйственное значение.