Основой фамилии Липаева послужило мирское имя Липай. Мирское имя Липай восходит к названию дерева липа. Давая младенцу такое имя, как Липай, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделен избранный представитель растительного мира. Возможно, в основе фамилии лежит не имя, а прозвище Липай, которое получил человек, живущий недалеко от липовой рощи, либо лекарь, знахарь (липа традиционно используется в лекарственных целях). Согласно другой версии, прозвище Липай образовано от украинского диалектного глагола «липати», то есть «отдирать верхний слой, разбивать, ломать, бить». Тогда это прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность предка: вероятно, он был строителем.