Фамилия Липакова — женская форма, а её основа — мужское прозвище Липак. В русской традиции такие фамилии обычно образовывались по принципу «чей?»: Липак → Липаков → Липакова, то есть «дочь или жена Липака».

Самый прямой и убедительный путь к значению фамилии лежит через украинскую лексику. В украинском языке слово «липак» имело конкретное профессиональное значение — так называли рабочего, который обмазывает глиной стены. Это маляр-штукатур, мастер по глиняной обмазке, что было распространённым ремеслом в сёлах и местечках. Предок Липаковых мог быть именно таким строителем.

Второе значение того же слова — «пирог». Поэтому не исключено, что прозвище Липак дали пекарю или любителю выпечки. Оба значения бытовали в украинских говорах, и какое именно легло в основу фамилии конкретной семьи, сегодня сказать трудно. Но сама модель «прозвище по ремеслу или занятию» — одна из самых распространённых в восточнославянской антропонимии.

Существует и третья, менее вероятная версия: связь с деревом липой. В этом случае прозвище могло указывать на место жительства («живущий у липы») или на какие-то внешние черты, но лингвистически слово «липак» в значении «липовое дерево» не является нормативным для украинского или русского языка, а встречается скорее как диалектное или случайное образование. Поэтому профессиональная версия выглядит предпочтительнее.

Фамилия Липакова не относится к числу аристократических или дворянских — это типичная фамилия крестьянского или ремесленного сословия, возникшая в среде, где прозвище закреплялось за человеком по его делу или бытовой особенности. Встречается она преимущественно в южнорусских и украинских областях, что подтверждает украинское происхождение корня.