Фамилия Липаков происходит от прозвища Липак. Чаще всего его давали человеку определённой профессии: в украинском языке «липак» — это рабочий, который обмазывает глиной стены. Такое занятие было востребовано при строительстве и ремонте жилья, особенно мазанок. Но у того же слова есть и второе, «кулинарное» значение — пирог. Поэтому предок Липаковых мог быть не строителем, а пекарем. Обе версии равноправны, и выбор между ними зависит от того, чем занималась конкретная семья.

Менее вероятно, что прозвище связано с деревом липой. Эта гипотеза слабее: если бы основа была от названия дерева, скорее появилась бы фамилия Липов или Липовцев. Суффикс -ак в украинском языке чаще указывает на деятеля, а не на предмет.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Липак добавили патронимический суффикс -ов. Получается «сын Липака». Встречается она в основном в регионах, граничащих с Украиной, а также среди потомков украинских переселенцев. Ударение, как правило, падает на второй слог: Липако́в.