Фамилия Липаковы (в мужском роде — Липаков) образована от прозвища Липак. В основе, скорее всего, лежит украинское слово «липак» — так называли рабочего, который обмазывает глиной стены. Это маляр или штукатур, занимавшийся глинобитными работами. Прозвище могли дать по ремеслу, и оно достаточно конкретно указывает на занятие предка: человек, который «липает», то есть лепит, мажет глиной.

Есть и вторая версия, тоже украинская: «липак» — это пирог. Тогда прозвище мог получить пекарь или любитель сытной еды. Менее вероятно, что основой стало название дерева липа — в славянских языках слово «липак» редко используют для обозначения самого дерева, обычно для этого берут другие формы (липняк, липовец).

Словообразовательная модель простая и типичная: суффикс -ак образовывал прозвища от глаголов или названий занятий, а затем фамильный суффикс -ов добавил значение принадлежности («сын Липака»). Фамилия фиксируется в разных регионах, но чаще встречается на юге России и в украинских землях — это согласуется с диалектной основой.

Исторических документов о ранних носителях фамилии Липаков немного, но сам тип прозвища (по ремеслу) характерен для среды посадских людей и крестьян: фамилии на -ов от профессиональных прозвищ активно складывались в XVI–XVII веках.