Фамилия Липатцев образована от имени Липат — народной формы крестильного имени Ипатий (греч. Hypatios — «высочайший», от hypatos — «высший»). В русском быту начальное «и» часто заменялось на «л»: Ипатий — Липат, Илья — Лылья, Ирина — Лорина. Так появился корень Липат-, к которому добавился притяжательный суффикс -ев (чья? — Липатцева семья), а затем фамильный суффикс -ц-, характерный для северных и сибирских говоров. В итоге: Липат + ев + ц = Липатцев. Буква «ц» здесь не уменьшительная, а патронимическая — указывает на принадлежность к роду Липата.

В основе лежит не прозвище, а именно имя. Ипатий — редкое, но устойчивое в святцах: его носил святой Ипатий Гангрский (IV век), почитаемый как целитель. На Руси имя давали в монашеской среде и крестьянских семьях, но массовым оно не стало, поэтому фамилия Липатцев встречается редко. В дореволюционных переписях её фиксировали в основном в Вологодской, Архангельской и Вятской губерниях — там, где диалектное произношение «Липат» вместо «Ипат» было нормой.

Ударение в фамилии — на первый слог: Ли́патцев. Вариант с ударением на «а» (Липа́тцев) ошибочен, так как разрушает связь с исходным именем. Встречается также написание Липатцов — с «о» под ударением, что отражает акающее произношение в южнорусских регионах. Но исторически верная форма — через «е»: Липатцев, от притяжательного прилагательного «Липатцев» (сын Липата).

Родственные фамилии — Липатов, Липатьев, Липатников. От них Липатцев отличается именно суффиксом -ц-: если Липатов — «потомок Липата» в общем смысле, то Липатцев подчёркивает конкретную семейную ветвь, как бы «Липатов сын, внук Липата». В ономастике такая модель встречается у фамилий на -ицын, -евцев, -овцев и указывает на более позднее закрепление прозвания в крестьянской среде XIX века, когда фамилии стали давать целым деревням по имени одного родоначальника.