Фамилия Липатцева — женская форма фамилии Липатцев. Её основа — редкое русское прозвище или неканоническое имя Липатец, которое, скорее всего, образовано от слова «липат» или «липатый». В русских говорах «липатый» означало «плохо видящий», «косоглазый» или «щурящийся». Человек с таким зрением мог получить прозвище Липат, а его сын или внук становился Липатцевым.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Обычно от прозвища на -а (Липата) образуется фамилия Липатин, а на -ец даёт суффикс -ев: Липатец → Липатцев. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Липатцев, то есть сын Липатца. Форма на -а (Липатцева) — это уже женский вариант, по мужу или отцу.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа могла быть связана с деревом липой. В этом случае Липатец — человек, живший у липовой рощи или торговавший липовым лубом. Но прозвища от названий деревьев обычно давались по другой модели (Липов, Липкин), а форма на -ец встречается реже и чаще указывает на выходца из местности (например, липовец — житель села Липовка). Для фамилии Липатцев такой топонимический след не прослеживается.

Фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской. В дореволюционных записях носители Липатцевы — чаще крестьяне и мещане. Никаких дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.