Фамилия Липатенко образована по типичной для украинского и южнорусского ономастикона модели с суффиксом -енко, который указывает на происхождение от отца или предка по имени или прозвищу. В основе фамилии лежит имя или прозвище Липата. Это слово, скорее всего, является вариантом имени Ипат (от греческого «высочайший»), которое в народном произношении могло звучать как Липат. Переход начального «И» в «Л» — явление, известное в диалектах: так, имя Иван в некоторых говорах превращалось в Ливан, а Ипат — в Липат.

Вторая, менее вероятная версия, связывает основу с деревом липа. Тогда Липатой могли прозвать человека, жившего у липовой рощи или занимавшегося заготовкой липового лыка. Однако для прозвищ от названий деревьев чаще использовалась форма с суффиксом -а (Липа), а Липата — это уже уменьшительно-ласкательный вариант, что сближает её с именем, а не с растением.

Географически фамилия Липатенко распространена на востоке Украины и в прилегающих областях России — в Слобожанщине и на Кубани, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские казаки и крестьяне. Носители фамилии в основном были выходцами из крестьянского или казачьего сословия. Суффикс -енко в этой среде означал «сын» или «потомок»: Липатенко — буквально «сын Липаты». Фамилия не является редкой, но и не входит в число самых массовых, что говорит о локальном характере её происхождения.

В документах XVIII века встречаются похожие написания — Липатенков, что отражает процесс русификации украинской фамилии на русской почве (добавление суффикса -ов). Однако форма Липатенко сохранилась как основная, закрепив украинское происхождение рода.