Фамилия Лифинцев — один из тех случаев, когда географическое прозвище легло в основу целого рода. В её основе лежит прозвище Лифинец, а оно, скорее всего, указывает на выходца из села Лифин. Это село существует и сегодня — оно расположено на Украине, в Лебединском районе Сумской области. Так что предок Лифинцевых мог быть переселенцем оттуда, и односельчане запомнили его по месту прежнего жительства.

Само название села Лифин, в свою очередь, имеет более древние корни. Одна из версий связывает его с греческим именем Елевферий (в русской традиции — Алферий). В переводе с греческого оно означает «свободный». В православных святцах память мученика Елевферия приходится на 21 августа. Таким образом, цепочка получается такой: имя Елевферий → название села Лифин → прозвище жителя Лифинец → фамилия потомков Лифинцев.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели с патронимическим суффиксом -ев. Суффикс присоединили к основе Лифинец, заменив конечное -ец на -цев. Такая модель обычна для фамилий, которые произошли от прозвищ, оканчивающихся на -ец: кузнец → Кузнецов, молодец → Молодцов, Лифинец → Лифинцев. Фамилия закрепилась, когда потомка человека по прозвищу Лифинец стали называть «чей?» — Лифинцев, то есть сын Лифинца.

Других надёжных версий происхождения у этой фамилии нет. Иногда её связывают с личным именем Лифий или с диалектными словами, но эти гипотезы слабее топонимической, и опираться на них без документальных подтверждений не стоит. Фамилия довольно редкая, и её география, вероятно, до сих пор связана с южнорусскими и украинскими областями, откуда пошёл род.