Скорее всего, фамилия Липухин происходит от прозвища Липуха (Лепуха). Так называли человека с заболеванием кожи. Согласно другой версии, фамилия Липухин происходит от мирского имени Липень, Липуха что в белорусском языке означает «июль». Возможно также, что в основе фамилии Липухин лежит прозвище, которое восходит к украинскому слову «липник», то есть лепщик, гончар. Таким образом, возможно, что основатель рода Липухиных бы гончаром по профессии. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Липуха, со временем получил фамилию Липухина.