Фамилия Липухина образована от прозвища Липуха, и у этого прозвища есть как минимум три объяснения. Самое прямолинейное — медицинское: «липухой» в народе называли кожное заболевание, например, лишай или экзему, так что прозвище мог получить человек с заметными проблемами кожи.

Вторая версия отсылает к белорусскому календарю. Там слово «ліпень» означает июль, а «ліпуха» — то же самое, но в разговорной форме. В этом случае Липухой называли ребёнка, родившегося в разгар лета, или давали такое имя как мирское, чтобы защитить от злых сил.

Третий вариант связан с украинским словом «липник» — лепщик, гончар. Если принять эту версию, прозвище Липуха давали мастеру по глине, и родоначальник Липухиных мог работать с гончарным кругом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Липухина — «дочь (или жена) Липухи». В русской традиции так закреплялись прозвища отцов, поэтому первым носителем фамилии был, скорее всего, человек, которого в округе знали как Липуху. Какая из версий верна для конкретной семьи, без генеалогического исследования не скажешь, но все три — рабочие и имеют под собой языковую основу.