Фамилия Липуновская — яркий пример того, как географический признак, закреплённый в суффиксе, перевешивает по частоте все другие возможные объяснения. Основа здесь — «Липун-», а окончание «-ская» прямо указывает на происхождение от названия места. В русской ономастике фамилии на «-ский» чаще всего получали дворяне по своим имениям или, в более позднее время, выходцы из сёл и городов, оканчивающихся на «-ск» или «-цк». Если предок Липуновских был крестьянином или мещанином, он, скорее всего, получил фамилию при переписи или переезде, назвавшись по родному селу.

Главный вопрос — что за «Липун»? Самая прямая и правдоподобная версия: это название населённого пункта. В России и на Украине встречаются топонимы Липуны, Липунь, Липуново, образованные от слова «липа». Липа — распространённое дерево, и «липуном» в некоторых говорах могли называть липовый лес или рощу. Соответственно, село Липуны (или деревня Липуновская) дало фамилию Липуновский, а её женская форма — Липуновская. В таком случае носительница фамилии — потомок человека, который переселился оттуда.

Есть и более редкая, но тоже возможная версия. В древнерусском языке «липун» — это не только «липовый лес», но и прозвище человека с «липкой», навязчивой натурой или, наоборот, того, кто занимался сбором липового цвета, лыка или мёда с липы. Такие прозвища были распространены в среде крестьян и ремесленников. Однако в этом случае фамилия скорее приняла бы форму Липунов (с суффиксом «-ов»), а не Липуновская. Суффикс «-ский» — сильный аргумент в пользу топонимического происхождения.

Интересно, что фамилия Липуновская встречается не повсеместно, а с заметной концентрацией в западных и юго-западных регионах бывшей Российской империи — на Украине, в Белоруссии, а также в центральных областях России. Это совпадает с ареалом распространения топонимов на «-ун» (Липун, Липуны), которые характерны для западнорусских и украинских говоров. В польской и украинской ономастике суффикс «-ский» вообще был массовым для шляхты и мещан, поэтому среди носителей фамилии могли быть и потомки польской или украинской мелкой знати, владевшей хутором Липуны.

Таким образом, основная версия — фамилия по месту жительства, от названия населённого пункта, связанного с липой. Версия о личном прозвище «Липун» менее вероятна из-за суффикса «-ская», но полностью её отбрасывать нельзя: в редких случаях фамилии на «-ский» образовывали и от прозвищ, особенно в среде духовенства (семинаристов могли записать как Липуновский по названию родной деревни или по прозвищу).