Фамилия Липуновы относится к числу русских фамилий, образованных от прозвища. В её основе лежит слово «Липун». Самая убедительная версия связывает его с названием дерева — липой. У славян липа считалась священным деревом: по преданиям, она укрыла Богородицу с младенцем во время бегства в Египет, на неё вешали иконы, а в народной медицине использовали для «переноса» болезней. Прозвище Липун в таком случае могло выполнять роль оберега: считалось, что назвав ребёнка в честь почитаемого дерева, родители защищают его от злых сил. Менее правдоподобна связь с глаголом «липнуть» (приставать, донимать).

Словообразовательная модель типична: прозвище на -ун (Липун) плюс патронимический суффикс -ов, дающий фамилию Липунов. Форма множественного числа — Липуновы — указывает на принадлежность к роду или семье.

Отдельного внимания заслуживает история рода. Липуновы — это дворянский род, который ведёт происхождение от Рюриковичей. Они относятся к ветви князей Мерьских-Галичей, младшей линии потомства Владимира Мономаха, а именно — к потомству великого князя Всеволода Юрьевича Большое Гнездо. Всего эта группа насчитывает 63 рода в 7 группах.

Среди известных носителей фамилии — Владимир Михайлович Липунов, профессор МГУ имени Ломоносова, соросовский профессор, член Союза писателей России, заслуженный работник высшего профессионального образования, главный редактор литературного интернет-журнала «Русский переплет». Он автор книг, монографий и учебных пособий, лауреат Ломоносовской премии 2004 года.