Фамилия Липунцов — один из тех случаев, когда корень слова не бросается в глаза, а суффикс указывает на нестандартную модель образования. Перед нами отчество, построенное по схеме «прозвище + -ец + -ов». Сначала от прозвища Липунец образовали именование сына — Липунцов, то есть «сын Липунца». Суффикс -ец в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на человека, связанного с местностью или характерным признаком.

Самая вероятная основа — диалектное слово «липун». В южнорусских и украинских говорах так называли вялого, медлительного человека, разиню или ротозея. Связь с глаголом «липнуть» (приставать, прилипать) здесь прямая: прозвище могло отражать назойливость или, наоборот, неповоротливость — человека, который «липнет» к месту. Менее убедительна версия о происхождении от «липы» (дерева): если бы основа была связана с деревом, фамилия скорее звучала бы как Липовцев или Липкин.

В ономастических словарях фамилия Липунцов не относится к числу широко распространённых. Это редкая, преимущественно южнорусская фамилия, сконцентрированная в Воронежской, Курской и Ростовской областях. Встречаются и однокоренные варианты: Липунов, Липунцов, Липуненко — все они вышли из одного гнезда прозвищ на «лип-».

Интересна и морфологическая деталь: суффикс -ун в слове «липун» — типичный для имён, образованных от глаголов (бегун, говорун, крикун). Такие прозвища давали по поведению или привычке. Если предок был Липуном, его могли прозвать за манеру «прилипать» к собеседнику в разговоре или за неторопливость в делах. Никаких документальных подтверждений дворянского происхождения у Липунцовых нет — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, закреплённая в формах после отмены крепостного права.