Фамилия Липунова образована от прозвища Липун. Чаще всего его связывают с названием дерева липа — у славян это дерево почиталось как священное, связанное с православным культом и христианскими легендами. Считалось, что на липе отдыхает Богородица, спускаясь с небес, и именно на ней чаще всего являлись чудотворные иконы. В народной медицине липу использовали для обрядов «переноса» болезней: в ствол забивали одежду больного, окуривали дымом от сожженной древесины людей и скот. Вероятно, прозвище Липун выполняло охранительную функцию — его давали ребенку как оберег от злых сил, чтобы уберечь от болезней и напастей.

Менее убедительна версия, связывающая прозвище с глаголом «липнуть» (приставать, донимать), — в этом случае оно могло указывать на характер предка, но такая трактовка встречается реже.

Отдельного внимания заслуживает социальный статус носителей. Липуновы — дворянский род, который ведет происхождение от Рюриковичей, а именно от младшей ветви потомства Владимира Мономаха, князей Мерьских-Галичей. Это редкий случай, когда фамилия, восходящая к прозвищу от дерева, оказывается связана с древней аристократией, а не с крестьянской средой.

Среди известных представителей — Владимир Михайлович Липунов, профессор МГУ им. Ломоносова, соросовский профессор, член Союза писателей России, главный редактор литературного журнала «Русский переплет», лауреат Ломоносовской премии 2004 года.