Фамилия Липушкин образована от прозвища или нецерковного имени Липушка. В русской ономастике это уменьшительно-ласкательная форма от слова «липа» — дерево, которое в народной культуре было символом мягкости, доброты, а также использовалось для изготовления лыка и мочала. Основа здесь не от имени собственного (в отличие от фамилий на -ин от крестильных имён), а от названия дерева.

Модель образования простая: основа Липушк- плюс суффикс принадлежности -ин, указывающий на «сына Липушки» или человека из семьи Липушкиных. Суффикс -ушк- в прозвище придаёт оттенок ласкательности или уменьшительности: Липушкой могли назвать ребёнка с мягким характером, светловолосого (по цвету липового цвета) или того, кто жил возле липовой рощи. Встречаются и другие однокоренные фамилии — Липов, Липкин, Липский, но Липушкин стоит особняком из-за редкого суффикса, который чаще встречается в северных и центральных говорах.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где липа была распространена и имела хозяйственное значение: центральная Россия, Поволжье, частично Урал. В переписных книгах XVII–XVIII веков прозвище Липушка фиксируется у крестьян и посадских людей, а значит, предки носителя фамилии, скорее всего, не принадлежали к дворянству или духовенству. Фамилия не аристократическая, а «народная», что подтверждается и её словообразованием: суффикс -ин в таких фамилиях типичен для крестьянской среды.

Спорных версий немного: иногда Липушкиным пытаются приписать связь с польским или украинским словом «липка» (липкий, прилипчивый человек), но это маловероятно, так как суффикс -ушк- в русских фамилиях почти всегда указывает на уменьшительную форму, а не на качество. Если бы прозвище означало «липкий», основа была бы Липк- (Липков, Липкин). Поэтому версия с деревом липой — основная и наиболее правдоподобная.