Фамилия Лапушкин образована от прозвища или нецерковного имени Лапуша, Лапушка. В основе — несколько возможных значений, и каждое по-своему рисует характер или обстоятельства предка.

Самая прямая версия: «лапушка» — ласковое обращение к женщине, реже к ребёнку. Так могли назвать любимую и долгожданную дочку. Модель образования простая: суффикс -ин (в форме Лапушкин) указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Лапушки». Фамилии на -ин в русском языке типичны для основ, оканчивающихся на -а/-я, и часто восходят к прозвищам или обиходным именам.

Вторая версия отталкивается от народного названия лопуха — «лапушник, лапушок». Здесь прозвище Лапуша могли дать человеку за внешность (лопоухость) или за характер: наивный, бесхитростный, «лопух». Такие прозвища по растениям — распространённый пласт русской ономастики, но в случае с Лапушкиным связь с лопухом менее вероятна, чем с ласковым обращением: слишком уж разное эмоциональное наполнение у этих слов.

Третья, менее очевидная версия — от глагола «лапушить». В тверских и псковских говорах он означал «бодриться, упрямиться, сопротивляться». Если это так, то Лапушкин — потомок человека строптивого, с норовом. Эта версия подкрепляется тем, что прозвища от глагольных форм в русских фамилиях встречаются, хотя и реже, чем от имён или названий предметов.

Словообразовательно фамилия прозрачна: суффикс -ин присоединён к основе Лапушк-, где -ушк- — уменьшительно-ласкательный суффикс. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где ласковые прозвища давали не столько детям, сколько взрослым — как семейное или уличное имя.

География фамилии не привязана к одному региону: Лапушкины встречаются и в центральных областях, и на севере, и в Поволжье. Это говорит о том, что прозвище было распространённым и независимо возникало в разных местах.

В любом случае, прозвище, лёгшее в основу фамилии, указывало на определённые черты — ласковость и мягкость, внешнюю особенность или упрямство. Точное значение сегодня восстановить невозможно, но сама фамилия остаётся живым следом народной речи.