Фамилия Лапушин образована от прозвища или нецерковного имени Лапуша. В основе слова лежит корень «лап-», связанный с лапами. Прозвище Лапуша могли дать человеку с большими или неловкими руками, широкими ступнями, а также косолапому, неуклюжему — по аналогии с медведем, которого в народе часто называли Лапой или Лапушей. В некоторых говорах «лапуша» означала также нечто пушистое, лохматое, так что прозвище могло относиться к внешности: к обладателю густых бровей, бороды или лохматой головы.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лапушин — это «сын Лапуши» или «человек из семьи Лапуши». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я (ср. Пушкин, Ильин). Фамилия не относится к самым частым, но встречается в центральных и северо-западных регионах России, особенно в бывших новгородских и тверских землях, где прозвища с уменьшительно-ласкательным суффиксом -уш- были распространены.

В ономастических работах фамилия Лапушин не имеет однозначной привязки к конкретному роду занятий или сословию. Прозвище Лапуша могло быть чисто бытовым, а не профессиональным. В отличие от фамилий, образованных от названий ремёсел (Кузнецов, Плотников), здесь скорее описывают черту внешности или поведения. Встречаются однокоренные фамилии: Лапухин, Лапушкин, Лаптев — все они восходят к тому же образному ряду, но с разными суффиксами.

Спорных версий происхождения у фамилии Лапушин практически нет. Связь с польским «łapuś» (хватающий) или украинским «лапуша» (вид растения) маловероятна для русской фамилии с суффиксом -ин, который в этих языках менее типичен. Наиболее правдоподобным остаётся простое и прямое объяснение: от прозвища по сходству с лапой зверя или по неуклюжей походке.