Фамилия Лаппушкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с внешностью или характером. Если отбросить суффиксы, остаётся корень «лап-», который в русских говорах имел несколько значений: от «лапа» (ступня или рука) до «лапа» в смысле «льстивый человек» (от глагола «лапать» в переносном смысле — льстить, подлизываться). Уменьшительная форма «лапушка» или «лапка» могла быть как ласковым обращением, так и ироничным прозвищем для человека с большими руками или ногами.

Суффикс -ушк- в основе (Лапушк-) указывает на уменьшительно-ласкательную форму, а затем уже добавился типичный русский суффикс принадлежности -ин. Таким образом, Лаппушкин — это «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Лапушка. Двойное «п» в современном написании — результат фонетического усиления: на стыке корня и суффикса звук «п» мог удваиваться для чёткости произношения, либо это поздняя орфографическая фиксация. В старых метрических книгах фамилия могла писаться и как «Лапушкин» — без удвоения.

Географически фамилия тяготеет к северо-западным и центральным губерниям России, где были распространены прозвища на -ушка. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: вероятно, один род дал начало всем носителям. По сословной принадлежности предки Лаппушкиных, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

В ономастических словарях фамилия не получила развёрнутого анализа, но её легко сравнить с однокоренными: Лапкин, Лаптев, Лапушин. Отличие Лаппушкина — в явном уменьшительном оттенке: прозвище давали не просто человеку с «лапами», а скорее кому-то маленькому, но с заметными руками или ногами, либо тому, кого ласково называли «лапушкой» за мягкий нрав. Второе значение — «льстец» — тоже вероятно, но менее популярно в фамилиях.