Фамилия Лахушкин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в старину так отвечали на вопрос «чей?» — сын Лахушки, внук Лахушки. Значит, в основе лежит личное прозвище или неканоническое имя Лахушка.

Корень здесь — лах-, который в русских говорах имел несколько значений. Самое вероятное: «лах» или «лахун» — так в псковских и тверских диалектах называли рыбу, чаще всего мелкую плотву или уклейку. Тогда Лахушка — уменьшительно-ласкательное прозвище рыбака или торговца рыбой, возможно, человека невысокого роста или верткого, как рыбка. Менее распространённая версия связывает лах- с диалектным «лахать» — зевать, глазеть, быть рассеянным. В этом случае Лахушка — прозвище ротозея или медлительного человека.

Третья, более спорная гипотеза — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках «лах» или «лахы» означает «сокол», «хищная птица». Если это так, то Лахушка могло быть прозвищем охотника или человека с острым зрением. Но эта версия слабее: фамилия не характерна для южных регионов, где сильны тюркские влияния, а сосредоточена скорее на северо-западе России.

Словообразовательная модель проста: к основе Лах- добавили уменьшительный суффикс -ушк- (как в словах «бабушка», «дедушка»), а затем фамильный -ин. Фамилии на -ушкин вообще редки, они характерны для неофициальных, домашних прозвищ. Человек по имени Лахушка в документах XV–XVII веков мог быть крестьянином или посадским человеком, а его потомки уже записывались как Лахушкины.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основные очаги — Псковская и Новгородская области, что косвенно подтверждает диалектную версию про рыбу. В других регионах Лахушкины единичны, и там фамилия могла возникнуть независимо от того же прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лахов, Лаханов, Лахин — показывает, что основа лах- в русской ономастике нередка, но всегда маргинальна, то есть не относилась к распространённым именам и прозвищам. Ни один из известных ономастических словарей (Унбегаун, Никонов, Веселовский) не выделяет Лахушкина в отдельную статью, что говорит о её локальном и позднем происхождении, скорее всего не ранее XVIII века, когда фамилии окончательно закрепились за крестьянством.