Основой фамилии Липустин послужило мирское имя Ляпуста. Фамилия Липустин, скорее всего, является фонетическим вариантом фамилии Ляпустин. В свою очередь, фамилия Ляпустин, предположительно, образована от имени Ляпуста. Оно берет начало от нарицательного «ляпа» - «широколицый человек». Вероятно, именование Ляпуста отражает особенности внешности его обладателя. Так могли назвать того, кто имел круглое лицо. Не исключено, что фамилия Ляпустин происходит от прозвища Ляпуста. Оно связано с существительным «ляпустик» - «бантик». Можно предположить, что Ляпустой прозвали портного. Возможно также, что прозвище Ляпуста этимологически связано с глаголом «ляпкать» - «плохо говорить». Скорее всего, Ляпустой прозвали человека с плохой дикцией. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ляпуста, со временем получил фамилию Липустин. Так, в источниках Томской области упоминаются Василий Ильич Липустин, родившийся в 1899 году, Илья Сенафонтович Липустин, родившийся в 1863 году, Анна Васильева Липустина, родившаяся в 1935 году.