Фамилия Липужин — редкая, и её разговорная, почти «домашняя» форма суффикса сразу бросается в глаза. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Липужа — это человек, а Липужин — «чей?» — сын или потомок Липужи. Сама основа «Липуж-» звучит не по-русски и явно заимствована.

Вероятнее всего, перед нами вариант фамилии, образованной от прозвища, данного по внешности или характеру. Корень «лип-» легко связывается с глаголом «липнуть» — приставать, надоедать. В русских говорах «липуга» или «липужник» могли называть назойливого человека, льстеца или того, кто постоянно просит. Однако финаль «-уж» встречается и в западных славянских языках: в польском, белорусском или украинском. Там «lipuż» могло быть производным от «lipa» (липа) с уменьшительным или пренебрежительным суффиксом — например, «липушка» или «липужина» (мелкая липовая роща). В таком случае фамилия могла означать «живущий у липовой поросли» или «тот, кто родом из Липужи» — деревни или урочища с таким названием.

Второй, более экзотический вариант — связь с диалектным словом «липуж» в значении «вялый, медлительный человек» (от «липнуть» в смысле застревать). Это прозвище могли дать нерасторопному работнику или флегматику.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Суффикс -ин, а не -ов, типичен для северных и центральных губерний России (Архангельская, Вологодская, Костромская), где часто образовывали фамилии от прозвищ на -а/-я. Однокоренные фамилии — Липунов, Липкин, Липухин — более распространены, но Липужин отличается именно редким суффиксом, который не даёт спутать её с другими.

Таким образом, предок Липужиных мог быть либо прилипчивым соседом, либо жителем местности, где росла липа, либо просто человеком с неброской, но запоминающейся особенностью — медлительностью или навязчивостью.