Фамилия Липужина — женская форма фамилии Липужин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в русской традиции такие фамилии образовывались от прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на -а/-я. В основе лежит слово «липуга» или «липужа» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли липу, а также всё, что с ней связано: липовую рощу, липовую кору или даже мед с липы. Встречается и значение «липкий человек» — назойливый, приставучий, от глагола «липнуть».

Версия с растением кажется более надёжной. Прозвище Липуга могли дать человеку, жившему возле липовой рощи, занимавшемуся сбором липового цвета или изготовлением мочала из липовой коры. В старину липа была промысловым деревом: из лыка плели лапти, короба, а липовый цвет шёл на лекарства и чай. Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть либо крестьянином, жившим в липовом урочище, либо ремесленником, работавшим с лубом.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — юг России (Белгородская, Воронежская области) и восток Украины, где диалектное «липуга» встречается чаще. В центральных и северных регионах её почти нет. Стоит заметить, что в некоторых переписях XIX века фиксировалась форма Липужин с чередованием г/ж — это типичное для южнорусских говоров явление (ср. «сапог — сапожин»).

Если сопоставить с однокоренными фамилиями — Липунов, Липкин, Липовцев, — то Липужина стоит особняком: она не от имени (Липун) и не от топонима (Липовка), а именно от прозвища по занятию или месту. Это делает её ценной для локальной истории: по такой фамилии можно восстановить, чем занимались крестьяне в конкретной местности — сбором липового сырья или бортничеством.