Фамилия Лисейкина образована от мужского имени Лисейка. Это не прозвище, не профессия, а именно имя — уменьшительно-ласкательная форма одного из полных христианских имён. Чаще всего за Лисейкой стоит имя Евсевий (греч. «благочестивый») или, реже, Елисей (древнеевр. «Бог спасение»). В народном произношении эти имена сильно редуцировались: Евсевий превращался в Евсей, а затем в Лисей; Елисей сокращался до Лисей. Суффикс -к- типичен для русских обиходных форм (Иван — Ивашка, Евсей — Евсейка, Лисей — Лисейка). Фамилия Лисейкина — женская форма, а мужская — Лисейкин.

Словообразовательная модель проста: к основе имени Лисейка прибавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «чей?» — сын Лисейки. Такие фамилии на -ин в XVI–XVII веках массово возникали в северных и центральных уездах России, в среде посадских людей и крестьян. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных имён или прозвищ, -ин почти всегда указывает на конкретное лицо — отца или деда, носившего уменьшительное имя.

Соблазнительно связать фамилию с животным «лиса» или с прилагательным «лисей» (лисий). Однако лингвисты считают это маловероятным: прозвище Лиса или Лисейка в русской традиции фиксируется, но оно давалось хитрым или рыжеволосым людям. Тем не менее, имя Евсей и его форма Лисей встречаются в писцовых книгах XVI века гораздо чаще, чем прозвищное Лиса. Поэтому основная версия — антропонимическая, от канонического имени через народную переделку.

Фамилия Лисейкина распространена в центральной России и в Поволжье. Согласно переписям XIX века, носители фамилии Лисейкины — преимущественно государственные крестьяне и мещане, без дворянских корней. Встречается вариант написания с одной «с» — Лисекина, но он редок и, скорее всего, фонетический (аканье или описка). Для генеалогического поиска стоит ориентироваться на мужскую форму Лисейкин и искать предков по имени Евсей, Евсевий или Елисей в метрических книгах и ревизских сказках.