Фамилия Лисейкин образована от уменьшительно-ласкательной формы Лисейка. Эта форма, в свою очередь, восходит к крестильному имени Елисей (древнееврейское Элиша — «Бог — спасение»). В русском языке имя Елисей в народной речи нередко сокращали до Лисей, а затем добавляли уменьшительный суффикс -к(а), получая Лисейка. Такой путь — от полного имени через обиходную форму к фамилии — типичен для русских фамилий на -ин.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын Лисейки. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Лисейка, например, в переписных книгах Новгородской земли. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в среде крестьян или ремесленников, где имя Елисей было распространено, но быстро сокращалось в быту.

Важно не путать Лисейкина с фамилиями, образованными от прозвища Лиса или от слова «лис». Основа здесь другая: Лисейка — это именно форма церковного имени, а не звериное прозвище. Хотя в редких случаях возможна контаминация (народное переосмысление как «лисий»), основной и доказанный источник — каноническое имя Елисей.

Географически фамилия Лисейкин тяготеет к центральным и северным регионам России: её фиксируют в архивных записях по Вологодской, Костромской и Вятской губерниям. Встречаемость невысокая, что характерно для фамилий, образованных от уменьшительных форм, не ставших массовыми. Сравните с однокоренными Елисеев, Елисеенко — они распространены шире, а Лисейкин остался в более локальном употреблении.