Фамилия Лисеев восходит к христианскому имени Елисей (в переводе с греческого – «желанный, чудесный, красивый»). В основе фамилии лежит усечённая форма этого имени, которая звучала как Лисей. Елисей был единственным очевидцем вознесения Илии на небо и в наследие от него получил мантию, как видимый знак преемства пророческого духа. Также не исключено, что фамилия Лисеев образована от имени Лексей - краткой формы имени Алексей. В результате редукции согласных «кс» до «с» и изменения «е» на «и» под воздействием произносительной нормы русского языка имя Лексей могло быть искажено до Лисей.