Фамилия Лисеева — женская форма, а её основа, мужская фамилия Лисеев, происходит от имени. В основе лежит усечённая форма канонического имени Елисей, которое в переводе с греческого означает «желанный», «чудесный» или «красивый». В бытовой русской речи имя Елисей нередко сокращали до Лисей — так же, как Дмитрий превращался в Митяй, а Гавриил — в Гавря. Именно от этой обиходной формы и пошла фамилия.

Библейский Елисей — ветхозаветный пророк, единственный очевидец вознесения Илии на небо. В наследие от учителя он получил мантию как видимый знак преемства пророческого духа. Имя было широко распространено в крестьянской и купеческой среде, поэтому фамилия Лисеев встречается в разных регионах России, хотя и не входит в число самых частых.

Существует и вторая, менее очевидная версия происхождения. Она связывает фамилию с именем Алексей, а точнее — с его краткой формой Лексей. В живой речи сочетание «кс» могло редуцироваться до «с», а гласная «е» под влиянием произносительной нормы перейти в «и». Так имя Лексей могло исказиться до Лисей. Эта гипотеза правдоподобна для говоров с аканьем и цоканьем, где звуковой облик имени менялся сильнее. Однако основная версия — от Елисея — проще и подтверждается большим числом однокоренных фамилий: Елисеев, Лисейкин, Лисенков.

Обратите внимание на суффикс -ев. В русской ономастике он указывает на принадлежность: Лисеев буквально значит «сын Лисея». Такая модель типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -ей, -ай, -ий. Если бы основа оканчивалась на твёрдый согласный, мы бы увидели суффикс -ов (например, Петров). Здесь же — мягкий звук, поэтому -ев.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России: её фиксируют в Тульской, Рязанской, Воронежской губерниях. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли её в XVIII–XIX веках. Носителей фамилии Лисеева можно найти и сегодня, но в целом она остаётся редкой.