Фамилия Лисенёва образована от имени или прозвища Лисень. Чаще всего в основе лежит мирское имя, которое давали ребёнку по названию животного — «лисеня», то есть детёныш лисы. В древнерусской традиции такие имена служили оберегом: считалось, что, назвав младенца Лисенем, родители делают его «своим» для природы и переносят на него лисьи качества — хитрость, ловкость, приспособляемость.

Возможна и другая версия: прозвище Лисень могли дать взрослому человеку за внешность. Слово «лисый» в народных говорах означало «жёлтый», «рыжеватый». Поэтому Лисенем называли того, у кого были светло-рыжие волосы или желтоватый оттенок кожи. Эта версия правдоподобна, но уступает первой по распространённости: антропонимические модели чаще опираются на зооморфные прозвища, чем на цветовые прилагательные.

Фамилия образована по типичной русской модели: от основы Лисень через суффикс -ев (фонетический вариант -ёв под ударением) и окончание -а. Форма Лисенёва — женский вариант фамилии, мужской — Лисенёв. Такая модель характерна для прозвищных и имённых фамилий центральной России.

Однокоренные фамилии — Лисенков, Лисенко, Лисенёв — встречаются в разных регионах, но вариант с суффиксом -ёв тяготеет к северным и поволжским говорам, где ударный суффикс сохранялся в фамилиях на -ев/-ёв. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с именем Лисень, но массовое закрепление фамилии произошло уже после отмены крепостного права, когда крестьянам массово записывали фамилии по прозвищам предков.

Таким образом, носительница фамилии Лисенёва может считать своим предком либо человека с «лисьим» именем-оберегом, либо рыжеволосого обладателя прозвища Лисень. Обе версии укладываются в народную традицию именования, и выбрать между ними без генеалогических изысканий сложно.