Основой фамилии Лисенёва послужило мирское имя Лисень. Мирское имя Лисень, скорее всего, берёт начало от нарицательного «лиса» или «существительного «лисеня», то есть «детеныш лисы». Давая младенцу такое имя, как Лисень, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Возможно также, что фамилия Лисенёва происходит от прозвища Лисень. Оно восходит к прилагательному «лисый», то есть «жёлтый». Вероятно, именование Лисень отражает особенности внешности его обладателя. Так могли назвать того, кто имел светло-рыжие волосы. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Лисень, со временем получил фамилию Лисенёва.