Фамилия Лисеный — редкая и нестандартная по своему суффиксу. В русском языке большинство фамилий образуется с помощью суффиксов -ов, -ев, -ин (Лисов, Лисин, Лисенков). Окончание -ый характерно для прилагательных, а в фамилиях оно чаще всего встречается у потомков духовенства (семантические фамилии вроде Смирный, Благовещенский) или у людей, получивших прозвище, которое застыло в форме полного прилагательного. Лисеный — как раз такой случай.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Лисеный. Что оно могло означать? Первое, что приходит на ум, — «лысый». В русских говорах слово «лисый» (или «лисённый») означало «плешивый», «с облысевшей головой». Связь с лисой здесь вторична: зверя прозвали так за рыжий цвет, а человека — за отсутствие волос, что дало омонимичное прозвище. Человек с заметной лысиной или проплешиной легко получал такое прозвище, а оно со временем закрепилось за его детьми как фамилия.

Вторая версия — от слова «лис» в значении «хитрец», но с редким суффиксом -еный, который мог означать «подобный лису» или «сделанный из лисьего меха». Однако в русской ономастике такая модель встречается реже, чем первая. Прозвища на -еный обычно указывали на внешний признак (например, Косой — Косеный), поэтому версия с лысиной выглядит убедительнее.

Географически фамилия Лисеный почти не встречается в центральных областях России. Единичные носители зафиксированы на юге и юго-востоке — в бывших казачьих областях (Дон, Кубань) и в Сибири, куда переселенцы приносили диалектные формы. Там же можно найти фамилию Лисенко (украинский вариант), с которой Лисеный не стоит путать: суффикс -енко — уменьшительный, а -еный — адъективный.

Таким образом, предок носителя фамилии Лисеный, вероятнее всего, был человеком с заметной лысиной, получившим соответствующее прозвище. Фамилия сохранила редкую грамматическую форму, что делает её отличной от более распространённых однокоренных собратьев.