Фамилия Лисеная — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах как основная, а не как производная от мужской. Обычно такие фамилии на -ая встречаются у потомков по женской линии или в тех регионах, где фиксация фамилии произошла через вдову или мать-одиночку. В данном случае перед нами не просто прилагательное, а форма, образованная от прозвища Лисеный, то есть «тот, кто похож на лисёнка» — хитрый, рыжий, юркий или с лисьими повадками.

Исходное прозвище Лисёнок (или Лисеный) в русской ономастике встречается повсеместно, но фамилия Лисеная географически привязана к южнорусским и украинским говорам. Там суффикс -ен- в прозвищах (Лисеный, Котеный, Волченый) означал не столько детёныша, сколько обладателя характерного признака: «лисоватый», «с лисьей чертой». В северных и центральных областях России такое прозвище чаще давали бы в форме Лисов или Лисицын, а южный вариант указывает на диалектную среду.

Интересно, что фамилия Лисеная могла возникнуть и как «матроним» — по матери. Если женщину в деревне звали Лисена (например, по её отцу Лису или по мужу Лисому), то её дети могли получить фамилию Лисеные. В документах XIX века такие случаи фиксировались именно в женском роде, особенно если мужчина был пришлым или умер рано, и хозяйство вела вдова.

С точки зрения словообразования, здесь работает модель «основа прозвища + -ен- + -ая». Суффикс -ен- в данном случае не уменьшительный, а притяжательно-характеризующий, как в фамилиях Козленый, Гусеный. В словаре Б. Унбегауна подобные формы отмечены как типичные для украинского и белорусского ареала, где они могли переходить в русскую среду через смешанные браки или миграцию.

Искать носителей фамилии Лисеная стоит в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на Кубани — именно там осели выходцы с Украины и юга России, сохранившие диалектные фамильные модели. Встречается она крайне редко, что делает её не просто фамилией, а локальным маркером определённой говорящей среды.