Фамилия Лисекова принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвищ, и в её основе, скорее всего, лежит слово «лис» или «лиса». Однако здесь есть важный нюанс, который отличает её от более очевидных однокоренных фамилий вроде Лисов или Лисицын.

Суффикс «-ек-» в основе (Лисек-) — это уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный формант. То есть Лисек — это не просто лис, а маленький лис, лисёнок. В русских говорах слово «лисёк» могло означать либо детёныша лиса, либо служить прозвищем для хитрого, но недалёкого или мелкого человека. Вторая версия: «лисек» — это диалектное название растения (например, хвоща полевого), но она менее вероятна для прозвища.

Сама фамилия образована по стандартной патронимической модели: сын Лисека — Лисеков, а жена или дочь — Лисекова. Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «чей?» — Лисеков. Это типичная русская фамилия, а не украинская или белорусская, где чаще встречается окончание «-ко» (Лисечко).

Географически фамилия Лисекова встречается в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях, где были сильны традиции прозвищ на «-ок» (Волчок, Зайчонок). В этих краях фамилия могла возникнуть независимо в нескольких местах.

Сравнение с фамилией Лисков (от «лысый») показывает, что Лисекова — не вариант написания, а самостоятельная форма. Ошибка при переписи маловероятна: ударение в фамилии падает на второй слог (Лисе́кова), что закрепляет корень «лис», а не «лыс».

Таким образом, предок носительницы этой фамилии получил прозвище Лисек — скорее всего, за внешнее сходство с лисёнком (рыжина, небольшой рост, хитроватость) или за характер. Фамилия фиксирует это прозвище в форме родительного падежа, отвечая на вопрос «чьи вы будете?» — Лисековы, то есть потомки Лисека.