Фамилия Лисеков — одна из тех, в которых на слух слышится прозвище, а не крестильное имя. Её основа — «Лис» или «Лиса» — сразу вызывает ассоциацию с хитрым, изворотливым или просто рыжим человеком. В русских говорах «лисой» могли назвать не только за цвет волос или плутовство, но и за льстивый нрав: «лисить» значило угодничать, подлизываться. Так что прозвище Лис, от которого пошла фамилия, могло характеризовать и внешность, и поведение.

Словообразовательная модель здесь классическая для русского севера и центра: суффикс -ов указывает на принадлежность. Лисеков — буквально «сын Лисека». А вот форма «Лисек» — это уменьшительное или ласкательное от «Лис», с суффиксом -ек. Такие усечённые варианты (Лис → Лисек) встречаются в ономастиконе реже, чем полные «Лисов» или «Лисин», что делает фамилию менее тривиальной. В словаре Б. Унбегауна подобные модели описаны как типичные для прозвищ, перешедших в фамилии через патронимический суффикс.

Географически фамилия Лисеков тяготеет к южнорусским и поволжским областям. Встречается в архивных записях по Воронежской, Тамбовской и Саратовской губерниям. Это не случайно: в чернозёмной полосе «лисий» промысел был распространён, а прозвища, связанные с животными, чаще давали в среде крестьян и однодворцев.

Существует и менее очевидная версия, которую не стоит сбрасывать со счетов: основа могла быть не зооморфной, а топонимической. В ряде регионов есть речки и урочища с названием Лисовка, Лисья. Житель такого места мог получить прозвище «Лисек» по названию села. Но эта версия правдоподобна лишь для единичных случаев — в массе своей фамилия всё же восходит к прозвищу.

Интересно, что фамилия Лисеков не получила широкого распространения среди дворянства или духовенства. Она осталась в крестьянской и мещанской среде, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах и частой фиксацией в ревизских сказках. Проще говоря, предки носителя этой фамилии — скорее всего, простые люди, которых в округе знали по характерной черте: хитрости, рыжине или льстивой манере разговора.