Фамилия Лисеенков — редкий случай, когда основа ясна, а происхождение упирается в неожиданный поворот. На первый взгляд, корень «лис» намекает на прозвище Лиса или Лисей — хитрого, ловкого или рыжего человека. Такие прозвища давали на Руси повсеместно, и от них пошли фамилии Лисов, Лисицын, Лисенков. Но в фамилии Лисеенков споткнёшься о двойное «е»: суффикс «-енк-» здесь не простой, а с дополнительным гласным.

Всё дело в модели образования. В русских фамилиях суффикс «-енко» (украинского происхождения) означает «маленький» или «сын»: Лисенко — сын Лиса. Русский вариант этого суффикса — «-енк-» с добавлением «-ов»: Лисенков. Но Лисеенков — это, скорее всего, не от «Лисенко», а от полного имени Лисей (разговорная форма канонического имени Елисей). Имя Елисей в народе сокращали до Лисей, отсюда отчество Лиссеевич или уменьшительное Лисейка. Фамилия Лисеенков тогда строится по схеме: Лисей — Лисейка — Лисейкин (редкий вариант) или, с украинским суффиксом, Лисей — Лисейко — Лисеенко — Лисеенков. То есть корень не «лис», а «лисей».

Есть и вторая версия, более прозаичная. В некоторых говорах «лисей» могли называть не только человека, но и лису-самца, а в переносном смысле — проныру или подхалима. Тогда фамилия остаётся в ряду «звериных» прозвищ, но с необычным суффиксом, который закрепился в написании.

Географически фамилия Лисеенков тяготеет к югу России и бывшим украинским землям, где суффикс «-енко» был нормой, а при русификации добавляли «-ов». Встречается она редко, в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они происходили из крестьянской или казачьей среды, где имя Лисей было употребительным, а прозвища — живучими.